Cũng như các thiết bị khác, ổ USB flash hoạt động trong hệ điều hành cũng cần các trình điều khiển (driver) riêng tuy nhiên người sử dụng lại ít nhận thấy điều này bởi chúng đã được tích hợp sẵn với hệ điều hành, khi một ổ USB flash được cắm lần đầu tiên vào một máy tính, hệ điều hành sẽ nhận dạng thiết bị phần cứng mới và tìm trình điều khiển cho chúng, nếu hệ thống không có sẵn các trình điều khiển sẽ đưa ra các yêu cầu như đưa ổ đĩa mềm, đĩa CD để bắt đầu quá trình cài đặt cho thiết bị phần cứng mới này.

Đa số hệ những hệ điều hành gần đây (chỉ nói đến họ Windows): Như Windows XP, Windows Vista, Windows 7 được tích hợp các trình điều khiển của ổ USB flash thông dụng, tuy nhiên đối với các hệ điều hành cũ hơn như Windows 2000, Windows Me, Windows 98 (phiên bản đầu và phiên bản SE) có thể không được tích hợp sẵn các trình điều khiển trong hệ điều hành, khi này hệ thống sẽ đòi hỏi trình điều khiển (driver) của thiết bị.

Đối với các ổ USB flash tích hợp thêm các tính năng khác, có thể người sử dụng không cần cài đặt trình điều khiển nhưng cần cài đặt các phần mềm chuyển đổi định dạng âm thanh chứa trên đĩa (hoặc trong chính USB flash) kèm theo.